原名：ポケットモンスタークリスタルバージョン
發售公司：任天堂股份公司
發售日期：2000年12月14日
參考售價：3,800日圓
可以與之對應的主機：GBC、GBA
對應周邊機器：GB系列專用通信線
●本款遊戲之主要劇情跟「神奇寶貝金╱銀」沒有很大的差異（流程有些是不一樣的），因此重複之處在此便不多加說明＠＠，就連傳送相關也跟神奇寶貝金銀沒有什麽不同，若需要相關訊息，請至神奇寶貝金銀區察看。
●跟神奇寶貝金銀相較之下其中一個最大的不同點是，這是一個特別重視水君的版本（為什麽沒有特別重視雷公跟炎帝的版本，不公平啊∼＞口＜），上面的三張圖是片頭動畫一景。
●從水晶版開始，玩家終於可以選擇女性的主人公了^^，這版本同時也深深影響4年後的綠寶石---神奇寶貝加入了動作，除此之外，水晶版的電話網路功能也影響到之後神奇寶貝遊戲能多人連線的功能，這也算是一項革命；還有個類似皮卡丘版火箭隊有出現的情況 --- 這個版本有出現TV版中帶著「經過特訓的胡地」追逐水君的謎樣少年「米那君」（ミナキ），真是個很特別的版本^^
●水晶版是神奇寶貝掌機類遊戲中至今唯一一個（之後有沒有倒是不知道＠＠）可用收服的方式取得傳說神奇寶貝雪拉比（セレビィ，見下圖），不像GBA上的五個版本雖然可以取得，但一定要經由競技場。這個可算是水晶版裏一項很特別的福利吧^^
●水晶版是能跟前作（神奇寶貝金╱銀╱紅╱綠╱藍╱黃皮卡丘）連線的最後一個版本，之後的版本因為整個系統（努力值、特性、性格等等）都與前作有著極大的差異，故不能與前述的所有版本連線。
神奇寶貝水晶版攻略
1.開始遊戲，選則男生或女生。(男上女下)
2.出家門後，去博士家，他會問你話，你要答好。
3.之後選擇你要的神奇寶貝，有3只，分別是火球鼠、小钜鱷、菊草葉
4.之後，跟金?銀版一樣，去神奇寶貝爺爺家拿波克比的蛋和圖鍵。
5.回到研究所的路上，你會遇上勁敵，他的屬性可是你的剋星∼
6.回到研究所，會有劇情發生，請替宿敵命名，並跟博士講話。
7.出來研究所時，研究員會給你寶貝球。
8.出門後，有人會教你收服神奇寶貝，這次可以答應了。
9.繼續網前到29號道路。
10.接下來到達城鎮，往30號道路走，這時候走左邊那一條。
11.路上有許多訓練家，打敗他們吧！
12.接下來到達了第一關，可先去喇叭芽之塔。
13.打敗裏頭的和尚，最後會遇到宿敵。
14.目前還不會與宿敵對戰，先去和長老對戰
15.對戰獲勝可得招式05閃光∼
16.接下來往道館出發，這關的道館是飛行系，打贏他吧！打贏他可得技31（融入影子）。
17.再來去神奇寶貝中心拿蛋，約走500步可生出波克比。
18.之後，去亞爾夫遺跡拼拼圖。
19.拼好後，掉入洞裏，抓3只不同模樣的未知圖騰。
20.出去後，被研究員帶走，即可升級圖鑒，得到未知圖騰圖鑒。
21.之後32號道路，有個人會給你「奇跡種子」。
22.往下走，沿路走，到下麵有人會跟你要100萬元，可拒絕。
23.在神奇寶貝中心跟釣魚老翁要「破爛釣竿」。
24.到達連接洞穴，得到衝浪後這裏可以抓乘龍，也可由這裏到達阿拉爾夫遺跡。
25.打敗所有訓練家，即可出洞，到達第二關。
26.出了洞後，先去和鎮裏左上方房子的屋主談話，他會告訴你有關呆呆獸的事。
27.接著他會跑出去，此時你要去呆呆獸之井。
28.打贏火箭隊團員之後，屋主會謝謝你，他會幫你製作寶貝球，可去上方拿栗子，給他製作寶貝球。
備註：拿到GS球之後，別忘了來這裏給他研究，可在烏巴梅森林抓賽雷比。
29.接下來往道館出發，這關的道館是蟲系，打贏他吧！打贏他可得技49（連續斬）。
30.往森林前進吧！可是在前進之前要跟宿敵打！
31.去趕大蔥鴨吧！趕到學徒旁，有人會給你招式01（居和斬）。
32.回去第二關，到最右下角的房子，跟學徒說話，他會給你「木炭」。
33.給怪物學習招式01（居和斬）砍樹吧！
34.給製作寶貝球的研究過GS球後，別忘了來森林的神社抓賽雷比。
35.此森林有個綠頭髮的男子，跟他談話可得技02（頭鎚），可搖樹。
36.通過森林前，有個訓練家，把他打敗吧！
37.到了通關，可跟一個跟著巴大蝴的女子拿技12（甜蜜香氣），可引神奇寶貝出現。
38.往黃金市前進吧！中途有些訓練家，打敗他們吧！還有飼育屋喔！可訓練神奇寶貝和育種！
備註：
1.34號道路有個女孩，記得記錄她的電話，過了一陣子她會打電話給你，再跟他談話，「草之石」。
2.記錄34號道路????的電話，他會告訴你百貨公司舉行大俗賣的消息！
39.黃金市是個大城市，有許多內容。
40.去神奇寶貝中心休息一下，恢復體力吧！出來時，可得GS球！
41.黃金市商店有許多東西，不妨來逛逛！
42.黃金市的介紹：
1.SHOP右上角：看親密度的。
2.PCC左下角：地下街入口，正輝的家。
3.地下街：COIN CASE。
4.廣波塔：收音機卡（答案：Yes/Yes/No/Yes/No）。
5.火車站：目前不能使用。
6.地下街上方入口，有個改名屋和GYM，以及花店。
7.SHOP的B1F和5F的事件（跟金銀版一樣）。
43.接下來往道館出發，這關的道館是普通系，打贏他吧！打贏他可的技45（著迷）。
44.打敗館主後，要去胡說樹的旁邊把花店主人的妹妹找回，回到花店，花店主人會給你「傑尼龜噴水壺」。
45.把胡說樹解決或捕捉後，不要忘了在36號道路跟人拿技08（破石），可打破地圖上的石頭。
備註：在36號道路記得記錄學生電話，過了一陣子她會打電話給你，再跟他談話，「火之石」。
46.到了第四關，先到舞女院，把舞女打敗，跟下麵老伯說話，他會給你招式03（踏浪）。
47.得到踏浪之後去焚毀之塔放生三神獸，中途會遇到宿敵，將他打敗。
48.打敗後，會掉入洞裏，放走三神獸吧！
49.放走三神獸之後，便可以打到道館，這關的是幽靈系∼把他打敗吧！打贏後可得技30（影子球）。
50.打贏道館之後往右邊出發。
備註：38號道路的女子記得要紀錄電話，過了一陣子她會打電話給你，再跟她談話，她會給你「雷之石」。
51.解決哞哞牧場事件，之後往下走。
52.到達了城鎮，會發現宿敵，但不會發生戰鬥，而發現道館館主不在道館....？
53.先去下麵拿招式04（怪力）吧！
54.市旁有一座「戰鬥塔」(上網才有用)。
55.在神奇寶貝中心上方，有個屋子內，可拿「普通釣竿」。
56.右邊有個屋內，有人要用雷電球換大鉗蟹。
57.在來往燈塔前進，中途有些訓練家，把他打倒吧！
58.到達最上層後，會發現館主在照顧神奇寶貝，她會要求你幫他拿密傳藥。
59.用右邊的動沿路跳下吧！
60.使用衝浪前進到下個城鎮吧！中途有些訓練家！都是水系的！
61.通過40和41號水道來到丹巴市。有只水君站在你面前！走近後它跑走了！神秘人物會出現，主角破壞了他的計畫，要跟主角戰鬥。打敗他後他會離開。
62.水君旁的小屋屋主，會告訴你你的的捕捉地點、捕捉等級和個體值的大概情況。
63.去下方的房子內取得密傳藥。
64.去打道館吧！這關的道館是格鬥系！內部需使用怪力！打贏後可得技01（爆裂拳）。
65.出道館後，有個婦女，她是館主的太太，可以跟她拿招式02（飛天）！
66.使用飛天回去淺黃市的燈塔。
67.給館主密傳藥之後，他會安心的回去道館。
68.往道館前進吧！這關的道館是鋼系！打敗他吧！打贏後可得技23（鐵尾巴）。
69.回去第四關，往右游到第七關。
70.到第七關會發現火箭隊佔領了，往憤怒之湖前進吧！
71.到湖中央，把發光暴鯉龍解決或捕捉後，不要忘了在下方跟阿渡談話。
72.去43號路左邊的小路，在星期三有黑腰帶(格鬥系攻擊力加1.4倍)，小屋裏有技10（覺醒之力）。
備註：44號道路有個漁夫，記得記錄他的電話，過了一陣子他會打電話給你，再跟他談話，「水之石」。
73.回到丁香鎮後，去商店裏，發現阿渡。
74.阿渡會把商店裏的密道挖出，並下去。
75.這裏的火箭隊基地，每通過石像就會有2名火箭隊團名來挑戰。
76.如不想打，可去第一層中心按調開關。
77.每打完一個，就談話一次。
78.全體說完後，去三樓，遇到宿敵，並不會發生戰鬥。
79.解開密碼，打敗裏面的人。
80.從黑暗鴉口中取得密碼。
81.到達第二層，與團員發生戰鬥。
82.進去發電房，把頑皮彈們打敗，阿渡會幫你。
83.打敗所有頑皮彈後，阿渡會給你招式06（漩渦）。
84.之後，去打道館吧！這關的道館是冰系！內部需使用滑冰！打贏後可得技16（凍僵冷風）。
85.出道館後，會接到電話，去黃金市吧！
86.到達黃金市廣播塔，一路打敗火箭隊團員，到最上層打敗假局長，得到地下鑰匙。
87.到地下通道，右邊的門已可打開，下去後與宿敵對戰。
88.開門的方法是按按鍵，順序為：3-->2-->1。
89.打敗所有訓練家，進入另一道門。
90.到最裏面的地方，發現局長！跟他談話後，得到鑰匙。
91.回去廣播塔二樓，打開電腦門，打敗裏面的火箭隊，打到最上層。
92.打敗火箭隊的團長，可和樓下跟喵喵在一起的女孩拿「粉紅緞帶」。
93.再下一層樓，可和綠發女還拿技11（放晴）。
93.回到第七關，賣包子老頭已經不會擋你了，往冰雪結晶道進吧！
94.冰雪結晶道的走法為：上左上左下左上左下右下右。
95.招式07（爬瀑布）取得法：右上右下右上左下左上左下右 返回法：左上右下上右下左下左。
96.再把所有石頭都推下去，到達煙熏市。
97.這關有健忘老爹之家，可以忘掉沒必要的招式。
98.這關有民宅可以用「哈克龍♀」交換嘟嘟利！
99.接著，去打道館吧！這關的道館是龍系！內部需使用推石！
100.打贏道館並不能得到輝章！征服龍之洞穴吧！
101.使用漩渦到達「龍之寺」。
102.裏面的老婆婆會問你問題，回答3.1.3.1.2.便可得到會神速的迷你龍
103.出籠之寺後，伊吹（館主）便會給你輝章，和技24（龍威）。
104.接下來可以往下走，中途訓練，如果懶得走，就直接飛回第一關吧∼
105.回博士研究所拿「大師球」吧！
106.往右邊的海域遊過去，進入洞穴。
107.洞穴裏需要招式07（爬瀑布），才能渡過。
108.此處有許多訓練師，打敗他們吧！
109.到了某個民家，可以補血。
110.到了冠軍道路，過法很簡單，自己過吧！
111.裏面最左邊有個拿著凱西的老伯，會讓你回到自己的家（打贏五大後便無效）
112.去打五天王吧！如果等級低記得買藥！
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